Misnička vodní patří mezi obojživelné lišejníky částečně zaplavovaných, osluněných silikátových kamenů a skal v korytech potoků a řek. Její rozšíření je boreálně-montánní/alpinské. V Evropě se vyskytuje převážně v horských oblastech a severní části kontinentu. V ČR je tento druh velmi vzácný a recentní údaje pocházejí pouze z Krkonoš a Orlických hor. V katalogu lišejníků ČR (Vězda & Liška 1999) však existuje větší množství historických, více než 100 let starý údajů. Je třeba ale ověřit, zda se skutečně vztahují k tomuto taxonu.
taxonomické zařazení:Ascomycota → Lecanoromycetes → Pertusariales → Megasporaceae → Aspicilia
Červený seznam (Liška & Palice 2010):DD – nedostatek dat
Červený seznam (Malíček 2023):C1 – kriticky ohrožený
Výskyt v Česku
Počet záznamů: 5, z toho ověřených 2. Kliknutím na vybraný čtverec se zobrazí konkrétní údaje včetně pramenů.