Boreálně-montánní lišejník, který osídluje poměrně široké spektrum substrátů. Nejčastěji bývá nalézán na vlhkém dřevě v pokročilém stádiu rozkladu. Běžně se objevuje také na kyselé půdě, rašelině nebo přímo na přistíněných silikátových skalkách a kamenech. Preferuje stanoviště reliktnějšího a vlhčího charakteru, např. sutě, rokle v pískovcových skalních městech, rašeliniště, rašelinné a horské lesy. V ČR se vyskytuje převážně v horských oblastech. Níže položené výskyty jsou vázané na zaříznutá chladná údolí a rokle. Vláhomilka je u nás vzácnějším druhem s větší koncentrací recentních lokalit pouze na Šumavě, v Krkonoších a severočeských pískovcích. V rámci Evropy i severní polokoule se jedná o široce rozšířený, ale spíše jen lokálně hojný druh.

Ascomycota → Lecanoromycetes → Pertusariales → Icmadophilaceae → Icmadophila