Mapovník tmavý se od ostatních „nežlutých“ druhů liší relativně malými zďovitými askosporami a častou přítomností kyseliny stiktové ve stélce. Exempláře s dobře vyvinutými askosporami mohou být dle určovacích klíčů zaměněny s ekologicky a makroskopicky víceméně odlišným mapovníkem R. lavatum.

Jedná se o nejběžnější z „hnědých“ zástupců rodu Rhizocarpon. Roste na kyselých silikátových skalách i na menších kamenech, kde často vyhledává vlhčí mikrostanoviště blízko země. Vyskytuje také synantropně na kamenných zídkách, žulových náhrobcích a božích mukách. V Evropě se vyskytuje od Středomoří až po Skandinávii v různých nadmořských výškách. Stejně tak hojně je udávaný i z území celé České republiky.

Ascomycota → Lecanoromycetes → Rhizocarpales → Rhizocarpaceae → Rhizocarpon