Vápnomilný druh, který se nejčastěji vyskytuje na přirozených vápencových skalách. Typicky osídluje exponované plochy, ale může růst i na převislých skalách. Vzácněji se vyskytuje na dalších typech vápnitých substrátů, včetně těch člověkem vytvořených. V Evropě je misnička vroubkatá široce rozšířena v oblastech s výskytem vhodných biotopů. V České republice je lokálně hojná ve vápencových oblastech středních a nižších poloh, jinak v krajině chybí.

Ascomycota → Lecanoromycetes → Lecanorales → Lecanoraceae → Myriolecis